Alig egy héttel a Safari 3.1 megjelenése után a Windows alatt is futó Mac böngészőről kiderült, hogy súlyos biztonsági rések vannak benne. Szám szerint legalább kettő. Az argentin Juan Pablo Lopez Yacubian fedezte fel a hibákat a Safari 3.1 Windowsos verziójában.

Az első biztonsági rés lehetővé teszi a gyanútlan felhasználó átirányítását egy olyan weboldalra, ami megfertőzheti a számítógépet. A másik abban az esetben teszi védtelenné a gépünket, amikor a felhasználó egy nagyon-nagyon hosszú nevű fájlt tölt le a gépére, ami egy memóriatámadást tesz lehetővé a kábel másik végén ülő véreskezű hackernek.

Nem kizárt, hogy a Safari korábbi verziói is bűnösek a védelem hasonló elmulasztásában, valamint azt sem tudjuk, a maces verzió hogyan viselkedik ilyen esetekben. A Secunia biztonsági cég "highly critical"-nak ítélte a biztonsági réseket.